Сегодня, 6 августа 2012 года, NVIDIA объявила о том, что новый стандарт программирования OpenACC позволил китайским ученым значительно ускорить работу приложения по геномике DNADist ¹, которое используется на ранних стадиях разработки лекарств от таких генетических заболеваний, как синдром Дауна, гемофилия, муковисцидоз и серповидно-клеточная анемия.

С помощью OpenACC компилятора от CAPS исследователи из Шанхайского Университета Цзяотун в 16 раз ускорили приложение DNADist в системе на базе графического процессора NVIDIA Tesla, добавив в код приложения всего четыре директивы.

На фото: серповидно-клеточная анемия: здоровая клетка - слева, больная – справа.

DNADist, приложение для расчета матриц расстояний и изучения генетической связи между различными видами ДНК во времени, позволяет ученым извлекать информацию из последовательностей ДНК при считывании нуклеотидных последовательностей, чтобы лучше понять причины наследственных заболеваний и быстрее найти способы их лечения. Ускорив работу приложения DNADist, ученые смогут изучить больше данных и быстрее получить ценную информацию для поиска более эффективных способов лечения болезни.

OpenACC, стандарт программирования для параллельных вычислений с помощью директив, позволяет миллионам ученых во всем мире направить огромную мощь графических процессоров на свои исследования. Пользователи, как с опытом параллельного программирования, так и без него, получают очень простой способ ускорения своих исследований с помощью знакомых им моделей программирования.

OpenACC и ускорение на GPU впечатлили компанию Roche

OpenACC обеспечивает революционное ускорение работы приложений при минимальных усилиях исследователей и программистов. С помощью OpenACC Roche , одна из крупнейших фармацевтических компаний мира, получила возможность изучать и разрабатывать более эффективные лекарства быстрее и дешевле.

“Я поражен, как быстро и легко OpenACC раскрыл потенциал GPU в DNADist, нашем ключевом приложении, - отмечает Стив Пэн (Steve Pan), директор проектов в Roche Pharma Global Informatics. – Вклад GPU в наши разработки бесценен, потому что чем быстрее мы выведем лекарство на рынок (пусть даже на день раньше!), тем больше жизней мы спасем”.

“Для извлечения значимой информации из огромного количества данных, заключенных в последовательностях ДНК, требуется все большая вычислительная мощь, - продолжает Сумит Гупта (Sumit Gupta), старший директор по бизнесу Tesla в NVIDIA. - OpenACC позволяет ученым легко и быстро направлять огромную производительность графических процессоров на анализ несметного количества генетических данных. Это значительно сокращает время на изучение биологических систем и потенциально ведет к разработке более эффективных препаратов следующего поколения”.

Все больше ученых и инженеров используют компиляторы с поддержкой OpenACC и гибридные системы на базе CPU/GPU для ускорения разнообразных приложений, включая САПР, автоматизирование управление, обработку изображений, материаловедение, молекулярную динамику, квантовую химию и многие другие. Во многих случаях пользователи заявляют о 5-10-кратном приросте скорости и даже больше всего за пару часов работы.

Вэбинар по OpenACC, DNADist – 6 сентября, 2012
Компания CAPS проведет первый бесплатный публичный вэбинар в четверг 6 сентября 2012 года, чтобы продемонстрировать область применения OpenACC и лучшие примеры его использования, а также подробнее рассказать об ускорении приложения DNADist. Чтобы узнать подробнее о вэбинаре и зарегистрироваться, пройдите по ссылке .

¹⁾ DNADist – это часть пакета программ с открытым исходным кодом Phylip (PHYLogeny Inference Package), которые используют ученые в бионауках, и в первую очередь в филогении. Источник: http://en.wikipedia.org/wiki/PHYLIP