Сюжетная линия первого Сталкера закончилась тем, что при правильной концовке, Стрелок нашёл в саркофаге тайную комнату и расстрелял в ней некие колбы, которые, как выяснилось, были О-Сознанием. Той переменной, что насылала на Зону выбросы и убивала живых существ, приближая глобальный катаклизм. Две следующие части рассказывали совершенно иные истории.
Пролог.
В прологе снова прокручивается концовка первой части. Разработчики показывают, что после уничтожения О-Сознания Зона стала расширяться ещё быстрее и ещё аномальнее. На фоне появляется бабка с детьми из неизвестной деревни, которую врасплох застигает сильный выброс: бабку отбрасывает волной, а дети и вовсе исчезают. Испуганная женщина поворачивает взгляд к тому месту, где стоит невидимый Стрелок, и со словами "Что ты наделал" исчезает из кадра. После увиденного Стрелок впадает в шок и пытается перерезать себе вены, однако его спасает бутылка водки, а точнее, её содержимое. После некоторых раздумий он берёт со стола письмо от Доктора и видит, что появилась возможность навсегда очистить Зону от радиации. На фоне подъезжают машины с вооруженными людьми, а герой спасается по крышам.
Глава 1.
Всю первую главу Стрелок всеми силами пытается добраться до доктора, но ему всё время мешают. Когда у него наконец получается, Доктор рассказывает ему о проекте НИИЧАЗ (Научно Исследовательский Институт Чернобыльской Аномальной Зоны), и о том, что есть шанс вернуть счастливое время обратно. Чтобы искоренить Зону, работники НИИЧАЗ просят у Стрелка его квалифицированной помощи.
Глава 3. Финал
Стрелку сложно в это поверить, но НИИЧАЗ намерена полностью подчинить себе Зону и расширить её влияние на тысячи километров. После очередных раздумий Зона подаёт Стрелку знак, после чего начинает ему активно помогать, дабы уничтожить холодный расчёт НИИЧАЗ. Спустя некоторое время герой узнаёт, что Зона была на его стороне, и в слезах просит у неё прощение за причинённый ущерб.