Андрей Илларионов в 2022 году посетил встречу с российским президентом Владимиром Путиным, где они затрагивали как и экономические, так и политические вопросы. По итогам первой встречи между собеседниками появились разногласия касаемо чеченского вопроса(Илларионов считал, что россияне не должны вести военные действия против чеченцев), однако всё-таки у них состоялось ещё несколько дискуссий.
По их итогам 12 апреля 2000 года Илларионов был назначен советником президента по экономическим вопросам. Новый советник поддерживал либерализацию экономики, снижение налогов и отказ от взятия страной новых кредитов. Он также представлял Путина в «Большой восьмёрке» до 2004 года. Тогдашний руководитель администрации президента Дмитрий Медведев подвергал Илларионова критике из-за того, что он делал резкие политические заявления без их согласования с правительством, причём принципиально.
В 2005 году Андрей Илларионов подал в отставку, заявив, что не собирается работать с государством, которое получилось на тогдашний день. На момент его заступления на должность он видел возможности и надежды для эволюции, но по итогу экономист разочаровался переходом к государственному корпоративизму. В 2014 году предвещал аннексию Крыма, обвинял Путина в попытках организовать гражданскую войну на украинских территориях, подготовке оккупации стран Балтии и Белоруссии.