В один момент связь со спутником прервалась. Двухдневные попытки восстановить связь не увенчались успехом. В «Роскосмос» заявили, что по результатам предварительного анализа, в связи с отклонением фактических параметров импульса от расчетных, «Луна-25» перешла на нерасчётную орбиту и прекратила своё существование с поверхностью Луны. Для выяснения причин случившегося сформирована межведомственная комиссия.
Изначальной целью экспедиции была во-первых отработка технологии мягкой посадки возле Южного полюса для облегчения работы будущих миссий, а во-вторых исследование поверхности Луны в вышеуказанном районе. В планах было с помощью криогенного бурения осуществить поиск воды, изучить пылевые и микрометеоритные условия, радиационную обстановку полярной Луны.