Текстовки о FaD'е
реклама
Q. А что именно считает эта прога с технической точки зрения? Что качается, что считается и что отправляется?
A. С серверов проекта закачиваются данные об активных центрах белков, задания и молекулярные паки, в каждом из которых содержится информация о 100 молекулах. Эта информация взята из публичных баз данных и содержит информацию о молекулах, которые уже синтезированы или могут быть синтезированы с помощью доступных соединений.
Информация о трехмерных структурах белков также взята из общедоступных источников. Далее на клиентском компьютере случайным образом из каждой этих 100 молекул генерируются 100 дериватов путем замены различных радикалов. Таким образом получатся примерно 10000 молекул. Затем для каждой молекулы с помощью ее вращения и "сопоставления" с активным центром рассчитывается энергия докинга ("стыковки") - docking energy. Чем она меньше, тем лучше. В Find-A-Drug хитом (попаданием) считается энергия докинга меньше -20 кджоулей/моль. THINK начиная с версии v.1.21 также обладает способностью "отсеивать" дериваты молекул с плохой docking energy, т.е отсеивается не одна, а группа похожих молекул, что значительно сокращает время счета. Иногда THINK "замирает" на одном значении процентов. Это означает, что либо попался хит, либо очень "гибкая" молекула. Во время расчетов THINK регулярно сохраняется, что позволяет при перезагрузке вернуться к уже начатому расчету. После анализа всех молекул в паке THINK записывает информацию, которая может быть отослана на сервер. В ней находятся информация о docking energy просеянных молекул и молекулярные формулы хитов.
Информацию по заданиям можно смотреть с помощью FADMonitor + targets.rar
Q. А кто-то проверял что оно в действительности считает? Может вы моделируете ядерный взрыв для мин. энергетики США? Или ломаете китайский народный пароль? Исходники финка есть? Как проверить соответствие переданых молекул тому что он отрисовывает?
A. Ты сам подумай, зачем организаторам тратить миллионы долларов? Для того чтобы людям не было скучно ? Понятно, что они кроме научной пользы, получают еще и материальную: как дотации от правительства на исследования и т.д., а такие вще под продажу воздуха не получишь, я как человек проработавший достаточно в гос. структуре и знающий как осваиваются гос. деньги, могу точно сказать: просто так бешенные деньги никто тебе не даст.
Уже куча веток была подобных, по поводу каждого проекта находится один "оптимист", который предполагает, что мы считаем ядерное, химическое или иное оружие для вредных и вонючих америкосов, которым больше нечего делать, как давать готовое ПО для расчета оружия в свободный доступ.
Q. А я поставил считать, он уже 3 (5,10,…) часов работает, а посчитал только ХХ процентов. А последнее время вообще не двигается. Может он завис? И сколько вообще считается задание?
A. Задания бывают разного объема. Заранее это определить невозможно. Среднее время расчета – от 2-3 часов до 2-3 суток. Если расчет «приостановился», значит попалась «сложная» молекула. Это обычно лучше, т.к. среди них больше кандидатов в лекарства, а очки все равно начисляются только за время.
Q. Люди добрые! Скажите почему меня нет в статистике на сервере? Я считаю уже дня 4, а до сих пор не появился.
A. Юниты сливал на сервер? Посмотри queue server - есть ли хотя бы один юнит со статусом uploaded? Номер команды 2094 указал?
Q. А я посчитал и отправил результаты. Почему меня нет в статистике? Сколько очков я получил?
A. В статистику попадаешь после обновления данных на серверах, которые делают это 4 раза в день, примерно в 3, 9, 15 и 21 по Москве.
Количество очков можно посмотреть в самом клиенте. Tray - Job Info - History. Или просто в файле "C:/Program Files/Find-a-Drug/jobs.htm".
Q. Как подключить несколько машин в локальной сети?
A.
1. если у всех машин есть выход в интернет
То можно установить вручную клиента на всех машинах, используя для setup одни и те же данные (т.е ник и e-mail)
2. ecли выход у 1 машины:
расшарить на этой машине папку с FAD (свойства папки - сетевой доступ)
добавить у других машин в автозагрузку путь типа \\server\c\find-a-drug\think.exe
залить с инета задания - server- receive. Для большего кеша поставить сpuspeed в setup максимально.
Q. Откуда берутся задания, помеченные как Rejected? Что с ними делать?
A. Есть два варианта:
1. Сбой связи при отправке. Помогает остановка сервера (в окне сервера Exit и еще раз Exit) и запуск server.exe /v /r
2. Если не помогло – значит сбой при расчете. Это фатально. Задание нужно или удалять (Remove) или считать заново (Reset).
Q. Что делать, есть нода не досчитала и умерла? Как отдать ее задание другой машине и как удалить мертвую из списка?
A. Передача задания: Выделяешь его в очереди правой кнопкой, Hold, Allocate и указываешь, кому.
Удаление машины: Нужно просто удалить в папке FAD все файлы с ее именем и перезапустить сервер. Если сервер зарезервировал под нее задания, см. выше.
Q. Как убрать цифру 1 в моем нике на F-a-D ?
A. Необходимо для всех машин, на которых устанавливался fad, указать в сетапе одинаковый ник и e-mail.
Q. А как определить сколько жаб в задании, или только после просчета....
и еще... никак не могу понять по какому принципу за юнит очки начисляются? Такое ощущение, что чем дольше делалось задание тем больше юнитов? А за хиты очки дают?
A. жаба = job = задание, так что это одно и тоже.
Действительно чем дольше считается, тем больше очков (points).
Очки начисляются по следующей формуле: points=время(сек) * рейтинг_процессора / 3600
Хиты важны для исследователей, в плане соревнования пока для нас они особого интереса не представляют, однако это и есть цель проекта.
Q. Почему вы уверены, что THINK считает именно лекарства, а не ядерное оружие.
A. Потому что компания Treweren Consultants продает THINK как коммерческий продукт фармацевтическим компаниям.Можно скачать с их сайта коммерческий вариант THINK и сравнить их содержимое
Надеюсь, вы не думаете, что им продают симулятор ядерного оружия....
Q. Как влияет на скорость расчета обьем памяти, кеш процессора, Intel/AMD
THINK достаточно нетребователен к памяти, основной модуль занимает 5-15 мегабайт. Кеш процессора не влияет на его рейтинг, но немного влияет на скорость расчета (~5-10% AMD Duron c 64кб кеша проигрывает Athlon XP одинаковой частоты с 256кб кеша).
Intel/AMD:
Тут ситуация паритетная- т.е. топовые процессоры на Socket A(AMD Barton 2200mhz) имеют рейтинг около 210, Intel 3200mhz Northwood ~210. THINK может работать с Hypertreading(HT) и мультипроцессорностью (поддерживает до 16 процессоров). Прирост от HT около 10-25% (по крайней мере рейтинга ).
Q. Ok, я отправил результаты счета на сервер. А дальше что?
1. Из хитов выбираются такие, которые имеют группу "похожих" и которые можно легко синтезировать (чтобы не синтезировать 100 похожих соединений)
2. Их синтезируют
3. Лабораторные испытания - направлены на то, чтобы узнать, связывается ли хит с белком-целью
Используется либо
а) свойство кокристаллизации - когда в растворе хит связывается вместе с белком и выпадает вместе с ним в виде кристаллов
б) метки - молекулу хита метят например радиоактивным атомом, запускают в раствор с белком, затем белок отмывают от раствора. Если после
этого белок становится излучающим - значит, хит связался с ним.
4. Для рака - это эксперименты в клеточной культуре. Ингибирует ли хит рост опухолевых клеток.
5. Дальше следуют предклинические испытания. Цель этих испытаний - убедиться в том, что хит в организме животных не преобразуется в другое
вещество, не быстро выводится, как распределяется по органам , не вызывает опасных побочных эффектов и так далее.
6. Затем проводятся эксперименты на эффективность в живом организме животных (если это возможно - например, для некоторых видов опухолей)
7. Затем проводятся клинические испытания. Главной их целью является получить доказательства тому , что препарат оказывает эффект. Обычно они
проводятся в нескольких клинических центрах, где часть пациентов получает препарат, а часть - сахарозу с мелом (т.н. плацебо). Причем и то, и другое
расфасовывается в капсулы одинакового цвета и размера. И они называются соответственно препарат А и препарат В. В идеале даже человек, руководящий испытаниями, не должен знать, что препарат А - это плацебо.
8. Результаты статистически обрабатываются. Если результаты контрольной группы и группы, получавшей препарат, достоверно различаются в хорошую сторону, то препарат считается доказанно эффективным.
Причем необходимое финансирование на каждом этапе увеличивается во много раз. В последних этапах могут участвовать до 50-100тысяч пациентов.
И соответсвенно очень мало молекул доходят до 8 этапа.
У любого крупного проекта денег на все стадии все равно не хватит, поэтому они пользуются для некоторых этапах спонсорскими деньгами или передают результаты ранних этапов фармацевтическим компаниям. Проект Find-A-Drug сотрудничает с небольшими фармацевтическими компаниями, все доходы от лицензирования молекул будут тратиться только на финансирование проекта Find-A-Drug.
(Все это, конечно, упрощение)
Ветки форума
Мы знаем, что мы считаем? ИЛИ Для чего это нужно?
А есть ли среди участников проекта...
Незасчетали жабу что делать?
Описание целей F-a-D и статистика в подписи
Собираем рейтинги процессоров в FAD!
Моя борьба с раком
Вопросы по клиенту сюда
Проект распределенных вычислений Find-a-Drug
запрос статистики на мыло
сертификаты
Описание бездисковой фермы (Eng.)
Рекламная текстовка:
Вступайте с нами в проект распределенных вычислений Find-a-Drug!
Примите участие в разработке лекарств от СПИДа, рака и многих других
болезней!
В отличии от остальных проектов это не бессмысленное перебирание ключей от
шифра, и не расшифровка сигналов, приходящих из космоса якобы от инопланетян
)
Есть возможность принести реальную пользу нашей цивилизации!
Вся информация тут: http://www.overclockers.ru/TSC/
В командном зачете мы сейчас на втором месте и быстро догоняем самую
крутую
американскую команду! Смотрите нашу статистику: (Команда TSC! Russia)
http://www.overclockers.ru/TSC/fadstats.shtml
Клиент работает с idle приоритетом, абсолютно не мешает в работе,
не требует постоянного соединения и использует минимальное кол-во трафика
(~100кб в день)
Прямо сейчас вы можете его взять здесь: http://www.overclockers.ru/TSC/files/fadv123c.exe
team number: 2094
Ну и, Рашн Федерэйшн, ессно..
Нет необходимости постоянного соединения и минимум входящего и
исходящего траффика в
инете! Соревновательный элемент делает это полезное дело еще и интересным!!!
Мы ждем
именно Вас!!!"
реклама
Лента материалов
Соблюдение Правил конференции строго обязательно!
Флуд, флейм и оффтоп преследуются по всей строгости закона!
Комментарии, содержащие оскорбления, нецензурные выражения (в т.ч. замаскированный мат), экстремистские высказывания, рекламу и спам, удаляются независимо от содержимого, а к их авторам могут применяться меры вплоть до запрета написания комментариев и, в случае написания комментария через социальные сети, жалобы в администрацию данной сети.
Сейчас обсуждают