В игре, как и в сериале, представлена судьба молодого экипажа космического корабля Протозвезда. История не является адаптацией, она происходит во времени между событиями первого и второго сезона. Главные герои оказываются в планетарной системе, звезда которой вот-вот превратится в сверхновую. Задача Дал Р'Эла и Гвиндала, игровых персонажей, собрать команду.

Работа студии представляет собой трехмерную приключенческую игру. Во время прохождения мы посещаем разные планеты, составляющие вышеупомянутую систему, и на каждой из них разное испытание. Схема игры сводится к исследованию различных локаций, решению головоломок и спасению членов экипажа.

Игровые герои различаются навыками. Дал может поднимать тяжелые предметы, а Гвин обладает способностью маскироваться, что позволяет избегать охранников. Головоломки могут включать в себя перемещение блока, переключение кнопок и многое другое. Спасенные члены экипажа могут помочь нам на следующих этапах.

В Star Trek Prodigy: Supernova есть поединки. По характеристикам герои тоже различаются, и их оружие со временем можно улучшать с помощью собранных предметов. Эти вещи также используются для увеличения максимального количества энергии или для улучшения рывка. Основной сюжет игры можно пройти примерно за десять-двенадцать часов. Время прохождения можно продлить, собирая дополнительные реликвии или выполняя побочные миссии.