Эта теория называется «Теория индоктринации» и представляет собой идею о том, что на протяжении всей серии Mass Effect коммандер Шепард медленно и бессознательно «перепрограммируется» Жнецами, и что финальные эпизоды Mass Effect 3 не являются буквальными событиями, а являются фантазиями разума Шепарда во внутренней борьбе с идеологической обработкой.

«Индоктринация» Жнеца - это коварное средство развращения органического разума, «перепрограммирования» мозга посредством физического и психологического кондиционирования с использованием электромагнитных полей, инфразвукового и ультразвукового шума и других подсознательных методов. Получающийся в результате контроль Жнеца над лимбической системой делает жертву очень восприимчивой к его внушениям» - Запись Кодекса об идеологической обработке.

С тех пор, как Mass Effect 3 вышел, поклонники серии нашли в играх немало подтверждений своей теории, но разработчики до недавнего времени не подтверждали ее состоятельность. 

Один из сценаристов Mass Effect 3, признался, что никакой индоктринации не было и такой вариант развития событий даже не предусматривался, просто потому, что до него даже не додумались. «Мы были не настолько умны…Но в наши намерения это не входило. Мы это не прописывали» - заявил Chris Hepler.

Критика фанатов франшизы Mass Effect была настолько сильна, что BioWare выпустило обновление Extended Cut с расширенным финалом игры.